A.I.C.O. Incarnation 2018

2035年、日本。黒部峡谷一帯では医療目的の人工生体の研究のための研究都市が形成されていた。その研究都市に属する桐生生命工学研究所にて起きた人工生命体暴走事故「バースト」。それにより渓谷一帯は人工生命体「マター」によって埋め尽くされ、政府によって管理がされる危険地帯になってから2年が経過していた。

バーストの事故によって家族を失ったうえ、自身は交通事故で重傷を負い、黒部平野に位置する桐生生命工学研究所に併設された桐生病院にて、リハビリを続けながら学校に通っていた橘アイコは、夏休みの1日前に転校してきた神崎雄哉によって突如拉致され、人工生体開発者である黒瀬進に引き合わせられ、信じがたい事実を告げられる。

世界初の人工生体を用いた治療を受けたアイコは現在、人工生体で作られた複製の身体に脳を移植している状態ということ。「バースト」はアイコの本物の身体に投与された、治療用の人工生体細胞が暴走した事で起きたということ。そしてバーストで死亡したと思われていたアイコの母親と弟は、バーストの爆心地である桐生生命工学第二研究所、通称プライマリーポイントでマターに取り込まれながらもまだ生存している、というのだった。

黒瀬と神崎より、プライマリーポイントに取り残されたアイコの本当の身体に脳を移植すればマターの暴走は止まり、母親と弟を助け、自身も本物の体を手にすることができると言われたアイコは、最初は戸惑うも協力を決意。篠山大輔率いるダイバーチームと共に危険な封鎖地域に入り、プライマリーポイントへ向かう。

目的地のプライマリーポイントに到達した一同。だが、伊佐津恭介のメッセージにより、神崎は人工生体研究者由良俊英の脳を移植された複製体であることが暴露される。加えてバーストを引き起こしたのは本物の橘アイコの脳が移植された人工生体の身体であり、アイコの正体は本物の身体に人工生体の脳を移植した「AICO」であることが判明。伊佐津には事故で意識不明となった娘が居り、複製体を利用した治療法を研究する為にアイコを呼び戻そうとするが、アイコはバーストを止め、母親と弟を救出するため神崎に従う。だが、それは本物のアイコが蘇る代わりにAICOが消滅することでもあった。

伊佐津の操る人型マターに襲われながらもアイコたちはプライマリーポイントの中心、本物のアイコが取り残された多目的手術装置「アルサス」へ辿り着き、神崎の手でアイコの脳を再置換する手術に成功。AICOはマターとなって消えるが、グミが生体情報を記憶していた事で人間の姿で再構築され、マターに閉じ込められていた母親と弟にも再会する。神崎は本物のアイコへAICOが生きていける場所を探すと約束し、AICOと共に去った。

1年後、アイコは健康を取り戻し、家族3人で仲良く暮らす高校生活を送る。同じころ北海道の高校にアイコそっくりの少女が転校してきたところで物語は終わる。